Konteyner İçi Sistemler yer sıkıntısı olan işletmelerde, ekstra bina gereksinimi duyulmadığı için çoğunlukla tercih edilmektedir. Bu sistemler yer tasarrufu sağlar. Ayrıca montaj ve işletme kolaylığı ile işgücü teminin zor olduğu yerlerde kullanılması kolay bir sistemdir. Cihazların sağlıklı çalışabilmesi için uygun ortam koşulları konteyner iç izolasyonu yapılarak sağlanmaktadır.
Tercihe bağlı olarak her türlü alanda kullanılabildikleri gibi en yaygın olarak Reverse Osmos sistemleri ile Ultra Filtrasyon sistemleri için kullanılmaktadır.